如果说戚继光的凄凉结局是大明以文育武军事制度的弊端所造成的，那么戚家军的消亡则完全是大明军方内部矛盾尖锐，但是朝廷却有意放任的自毁长城行为。
戚家军之所以被冠上戚家军的名称，是因为这支威名赫赫的不败之师，正是由抗倭名将民族英雄戚继光一手打造的嘉靖三十六年，由于在山东多次对倭作战获胜。
戚继光得到了朝廷的青睐和器重被调往倭寇更加猖獗的浙江担任参将，负责防守宁波绍兴和台州三军来到浙江以后，戚继光发现，浙江沿海未锁已经烂透了士兵纪律松散，作战能力低下，想要依靠这样一支队伍去打败倭寇，无异于痴人说梦。
戚继光意识到，必须要训练出一支独立于渭所之外的强有力的新军才行。
不久，戚继光从投靠他的义乌人，冯子明的口中听到了义乌人为了保护本地银矿与外乡人械斗的事情，了解到了义乌人民风彪悍好斗打仗勇猛无畏的特点。
于是，戚继光决定创建一支由义乌人组成的新军。嘉靖三十八年，戚继光到义乌招募了三千人，组建了最早的戚家军，这是一支全部由义乌当地的农民组成的妥妥的杂牌军。
然而，这支杂牌军在戚继光的亲自训练之下，只用了短短一年的时间，就蜕变成了一支军纪严明战法高超的王牌部队。
除了常规武器之外，戚继光针对倭寇擅长贴身近战的特点，为戚家军增配了自创的新式武器，狼显和大量的火器，并且创造出了专门克制倭寇的元阳阵，在严格的训练之余，戚继光还非常注重加强对戚家军的思想教育，将戚家军打造成了一支保家卫民的仁义之时，嘉靖三十九年三月，戚家军在台州之战中正式亮相，由此开启了他们战无不胜的仁倭生涯。
在数年间，戚继光率领戚家军取得了大大小小几十场战斗的胜利，累计斩杀击毙倭寇数万人。
而在战斗中被烧死或者溺死的倭寇更是不计其数。到嘉靖四十三年十月，倭寇基被平列以后，戚继光又带领戚家军奔赴广东，一举剿灭了海盗无平及其所部三万余人，百战百胜，并且长期保持接近零伤亡的记录，让戚家军的威名响彻大明。
所以在明末宗驻宰冀继位以后，时任冀辽总督的谭伦申请将戚继光和戚家军调往冀州，抵御蒙古人的侵袭。
而戚继光带领戚家军就此开始了他们长达十六年的征战，塞外生涯，蒙古人与倭寇完全不同，他们作战都是以骑兵为主。
而之前的戚家军一直都是布战，就在所有人都认为戚家军无法适应与蒙古骑兵作战时，戚继光却出人意料的让戚家军将士们在最短的时间内掌握了骑射的技术，将戚家军改造成为了我国历史上第一支火枪骑兵部队。
此后，戚家军在戚继光的带领下，多次与蒙古人作战，取得了辉煌的战绩。
戚家军自成立开始到万历十一年，戚继光被调往广东为止，有记录的歼灭倭寇和蒙古人的人数就高达十五万之多，创造了大明历史上一个不可逾越的记录。
随着戚继光南调，广东戚家军也就此失去了他们的灵魂。
追随戚继光前往广东的只有吴为忠陈文良和吴大忌等少数将领和极少一部分。
戚家军将士万历十三年，戚继光罢职还乡，三年以后戚良离世。
而随着戚继光的病故，他的些亲信，如胡守仁王如龙等，将领相继被贬官被流放。
而戚家军主力就此落到了杨四卫的手中。杨思卫是一个趋炎附势之徒，也是戚家军将领中唯一一个跟戚继光倒戈相向的人，他为了谋求个人的升迁，打肆无限弹劾戚继光在戚继光离任以后，成为了新一任的继阵总兵。
杨思卫这种人长军是不可能打出什么出彩的战绩的。而他带领下的戚家军也的确在很长的一段时间内，史界低迷，直到万历二十年，吴为忠的回归，才将戚家军重新又凝聚在了义气。
再次成为了一支铁打的部队，长期被打压的吴为忠之所以能够重新回到戚家军，是因为万历三大征之一的朝鲜之战。
因为对战日本人当然是戚家军最有经验。吴为忠回归戚家军不久就奉命入朝作战。
在平壤战役中，吴为忠带领戚家军将士攻克牡丹峰成为了第一支登上平岗城头的明军部队。
此战过后，戚家军于家受到重用，参与了多次重大的战役，并且取得了不俗的战绩。
吴为忠也因公被升任为预寇，总兵官，左军都督，千视，成为了戚家军新一代的领导人。
朝鲜战争结束以后，吴为忠带领戚家军凯旋回国第二年，也就是万历二十七年，吴为忠因病请辞回乡休养。
而就在吴为忠离开以后不久，戚家军就遭遇了一场灭顶之灾。
在朝作战期间，戚家军就被朝廷拖欠军饷，而在回国以后，遣降问题依旧没有得到解决。
只是很多戚家军将士的家人因为穷困饥饿而死。为了讨要拖欠的响银愤怒的三千多戚家军将士聚集到冀州总兵府讨要欠项，而新任冀州总兵王宝一直将戚家军视为眼中钉，并欲除之而后快。
王宝先是假意安抚戚家军将士承诺第二天在石门寨演武场发放响银。
然而，在戚家军将士们散去以后，王宝却于当天晚上调来一支全副武装的军队埋伏在了石门寨演武场。
周围等到第二天，戚家军将士全部到齐以后，王宝突然以昌乱为由，下令将手无寸铁的三千多戚家军，将士全部斩杀。
可怜的戚家军没有战死在沙场，却丧命于自己人的屠刀之下，王宝在事后向朱家军上书诬陷戚家军图谋造，反大逆不道。
而文官集团为了省下戚家军将士拿命换来的那笔抢银，也跟着王宝一起上书诬陷。
朱义军最终听信了谗言，将剩余的没有前去讨要响音的戚家军将士也全部遣返回乡。
至此，戚家军连最后的种子都没有，剩下彻底消失在了历史长河之中。