景泰元年二月十三日，根据督察院左都御史陈毅的奏程，朱启玉为原先只有一名堂官的南京六部，增设左二官一名。
至此，所谓刘都的南京机构人员设置基本完备，一直延续到明朝灭亡。
大明自太宗朱棣迁都以后，一直实行的是两京制到正统年间。
朱祁镇再次确定北京为大明首都以后，南京就真正成为了陪都。
那么南京作为大明王朝的陪都最高的长官，究竟是谁呢？其实两京制并不是明朝特有的，早在西周时期就经营洛邑为东，都，东汉则以洛阳为都，城，以长安为西京隋朝建都长安隋炀帝也营建洛阳为东都。
此后，唐宋元等朝也都有两京，甚至是多京明朝的两京。
严格意义上来说，是因为朱棣迁都北京才形成的仁宗朱高炽继位以后，情况发生了一些变化。
洪熙元年朱高炽决议还都南京仍以应天府为京，师，称北京为行。
在不过朱高炽还没有来得及，还都南京，就中途驾崩了。宣宗朱瞻基继位以后，他虽然停止了还都的脚步，但仍然称北京为行。
在南京为京师，直到朱祁镇继位以后，才在制度层面上重新明确了两京的关系。
再次，以北京为首都，南京为刘都，此后两京成为定制，直至大明灭亡。
明代的梁京与其他王朝有着显著的不同，其中最有代表性的就是官制。
其他王朝在刘都一般只设京诏或者留守一类的最高长官，而不会成建制的，再设立一套中央各级官署，而明代南京的官制基本上就是复制了一套北京的中央机构。
而且南京驻官的品级与北京也全都一样，只是南京的官员头衔上要加上南京两个字，以示区别。
由于南京远离皇权中心，所以皇帝自然要委派心腹重臣作为南京的绝对领导核心，于是便设置了南京守备协同守备守备太监和参战机务。
这四个职务由这四名官员组成，一个集体领导机构，叫做南京守备厅会议来管理南京以及南直隶的相关事务。
永乐十九年，朱棣迁都北京以后，命中军都督府长事官守备。
南京以截至南京诸尉所仁宗朱高适继位以后，命相城伯李隆参守南京南宗朱瞻基时期将镇守改为守备，并规定，南京守备由公侯伯等勋贵担任，同时，兼令中军都督府，由据明史记载，反南京守备以应机务，每日会同参赞官与守备厅署理，每月说望日守备参赞等官及各府堂官会同内守备，以合行事务。
由此可以看出，南京守备厅会议就是南京的最高权力机构。
所以在明史中也就有了南京以守备及参战机务为要职的说法，参赞机务的设职晚于守备选择十年英宗朱启镇继位以后，命少保南京户部尚书黄甫参战机务。
后来，朝廷认为，南京高层的权力有些过于集中。于是到景泰三年，朱启裕又增设协同守备，一人也以公侯伯等勋贵担任。
同时，协同守备也兼领五军都督府侍到成化年间，朱建身下职命。
南京兵部尚书兼任参战机务一职，由此成为定制。这样一来，南京兵部尚书的地位得以提高，成为了南京六部之首。
这也是为什么在明朝灭亡时，南京兵部尚书史可法会被推举为首领的原因。
因为史可法坚定着参战机务的要职，南京不仅是刘都，而且还是大明财富的主要来源地。
所以大明皇帝当然不放，把南京全部交给勋桂美来掌管。
对于南京六部的文官集团更是心存戒备而牵制勋贵和文官集团的最佳人选，自然是大明历代皇帝最为信任的宦官集团，仁宗朱高炽在设置南京守备之后，不久就设立了南京守备太监一职派遣宦官前往南京只衡勋贵和文官。
而郑和就是第一任南京守备太监，此后又增设副守备太监，一人到明朝中期以后，由于太监的势力越来越强大，南京副守备太监最多的时候可以达到六七人之多。
那么，南京守备与南京守备太监到底谁才是南京的一把手呢？
从表面来看，南京守备与守备太监是同一级别的，两者也互不同属。
不过守备太监，往往都是由司立监派出的。有了这层关系，南京守备的地位就大打折扣了。
到后来，南京每次举行高层会议时，守备太监往往列在第一位。
而这也从侧面说明了守备太监的地位是高于南京守备的景太元年。
朱祁裕为南京六部增设左二官以后，南京六部设尚书一人，右侍郎一人，但却仍旧没有左侍郎。
所以在官职设置上，南京六部和北京六部还是有区别的。
南京六部和北京六部的实际权利更是不可同日而语。因为在事实上，南京六部并没有太大的实权，尤其是在选官和赋税等重要的问题上，南京六部还必须要得到北京六部的同意。
比如说吏部，南京吏部掌管着南京以及南直隶的文官管理，但却不可避免的要受到北京吏部的制约。
因为人事任免说到底是皇帝的权利。所以南京吏部在选官的时候，就必须要上报给北京六部，然后由内阁奏请皇帝批准到了明朝中期以后，由于文官集团内部的政治斗争越来越激烈，失事的一方往往会被发往南京任职，而得势者经常又会从南京调回北京。
所以南京各部就成为了在政治斗争中落败高官的养老过渡之地。
而南京真正的实权始终都掌握在南京守备太监的手里。
因为在守备太监的背后，就是大明皇帝。